NIS-Viewer使用指南_清華大學生物醫學測試中心

NIS-Viewer使用指南

2019/10/129873

作者：曹慧珍

軟件簡介

NIS-Viewer是一款可以打開.nd2格式圖片的免費軟件。它可以用來調節圖片的亮度和對比度，添加標尺，瀏覽時間序列和三維序列圖片，將圖片以.tif格式導出。4.50版本在圖像導出和多維圖像展示等方面新增了一些功能，更方便大家的使用。

一、軟件的安裝及打開

NIS-viewer軟件可以通過以下網址下載：https://www.microscope.healthcare.nikon.com/en_EU/products/software/nis-elements/v

下載后，根據提示安裝到電腦上，雙擊桌面快捷方式打開。

二、打開.nd2格式的圖片

1、點擊File-Open進入Open Image對話框，選擇需要打開的文件，即可打開.nd2格式的圖片。

2、如果打開的圖片顯示為灰色，鼠標右擊圖片左下角任一通道名稱，在彈出菜單中選擇Channel Color-In color，使圖片顯示為彩色。

3、點擊圖片上方的[Split Channels]按鈕可以切換到按通道分割顯示（再次按下后將復原）。[Show Thumbnail of Merged All Channels]按鈕可以在按通道分割顯示的同時，顯示出混合的多通道圖像。

4、上述功能也可以通過右擊圖片任一位置，在彈出菜單中勾選實現--Split Component View選擇圖片是否分通道顯示，Show Thumbnail of Merged All Channels是否顯示混合的多通道圖像，勾選View Channel In Color使圖片顯示為彩色。另外，點擊Image Properties打開Image Fields對話框，可以查看圖片拍攝的相關參數。

5、右擊圖片任一位置，在彈出菜單Rescaling Method選項勾選Quick、Linear、Spline可選擇圖片不同的Rescaling模式。

三、調節圖片亮度對比度

若圖片較暗，點擊Window-Show LUTs Window打開LUTs窗口，調節圖片的亮度和對比度。

左側線條用于調整圖像展示的最小值，右側線條用于調整圖像展示最大值，中間的點用于改變gamma值。右側線條左調，線性增強圖像亮度，左側線條右調，低于該值的信號變為黑色，用于扣除背景。Gamma值G>1, 新圖像比原圖像暗，圖片較亮的部分更清晰；G<1, 新圖像比原圖像亮，圖片較暗的部分更清晰；Gamma值可以避免線性調節引入的過亮信號，得到更多細節信息。因Gamma的調整是非線性的，文章發表時需標注具體數值。

LUTs Settings可以保存并在新的文件中調用，保證一組數據使用相同的參數進行調整。

四、添加標尺

點擊圖片右上角的按鈕，即可添加標尺。右擊標尺打開Scale Properties對話框可以調節標尺格式。

五、圖片導出

點擊[File]-[Export ND Document…]打開ND Export對話框。

選擇圖片保存位置，填寫圖片名稱，選擇導出的文件類型，如果是多維圖像（3D或時間序列等），需要使用其他軟件進行后續分析，可以直接導出為Multi-page TIFF。若導出Windows可直接查看編輯的圖片，請選擇Tagged Image Format或JPEG2000格式，推薦Tagged Image Format格式，需注意TIF Compatibility Options選擇Scale 12bit to 8 bit（Windows僅支持打開8bit TIF）。

然后勾選需要的Channels，點擊Export即可導出.tif格式圖片。Channels選項分別表示導出各通道灰度圖像(Mono image for each channel)、各通道彩色圖像(Color image for each channel)、彩色混合通道疊加圖像(Merge channels to RGB image)和多通道Multi-page TIFF(Keep image as multichannel)。

Tif格式的圖片若需保留LUTs效果，則勾選Apply LUTs；若需標尺，則勾選Insert Overlays。注意勾選Insert Overlays后無法導出單通道圖像。因此如需導出帶有標尺的單通道圖片，可以先導出單通道圖片，然后將其在NIS-Viewer中打開，添加標尺，再導出即可。

六、Overlays

除標尺信息外，圖像文件上使用NIS-Elements添加的Annotation和Binary也屬于overlays。4.5版本的NIS-Viewer支持打開和導出Annotation和Binary。

七、多維圖像

NIS-Viewer可以打開多維圖像，如3D層掃圖像、時間序列圖像、多點序列圖像等，圖像時間軸下方顯示維度。

打開Z序列圖像，點擊[Show Slices View]按鈕：顯示任意位置的任意XY、XZ、YZ剖面。點擊，可顯示選擇位置。請用鼠標拖動十字光標。Z的顯示比例可調整。

[Show Slices View]狀態下：Mode選擇Maximum Intensity Projection，可以顯示XY的Z Maximum Intensity Projection，XZ的Y Max IP和YZ的X Max IP。

點擊

[ Show Volume View]按鈕，即可構建三維圖像，Blending可調整重建圖像的混合模式，Z-zoom可調整Z方向的比例，勾選Sub volume on EGFP后，按住Ctrl鼠標即可對volume進行裁切，且僅EGFP通道；勾選Sub volume on mCherry僅對mCherry通道進行volume裁切。